Les principaux critères utilisés pour déterminer la rémunération des agents contractuels sont posés à l'article L. 713-1 du code général de la fonction publique. Ce dernier prévoit ainsi que « la rémunération des agents contractuels est fixée par l'autorité compétente en tenant compte des fonctions exercées, de la qualification requise pour leur exercice et de l'expérience de ces agents. Elle peut tenir compte de leurs résultats professionnels et des résultats collectifs du service et évoluer au sein de l'administration, de la collectivité ou de l'établissement qui les emploie. » L'article 28 de la loi n° 2019-828 du 6 août 2019 de transformation de la fonction publique a précisé les composantes de la rémunération des contractuels en permettant dorénavant de prendre en compte ces deux derniers critères, au même titre que les fonctionnaires, pour mieux valoriser leur engagement professionnel et manière de servir.
Par ailleurs, les conditions dans lesquelles la rémunération des agents contractuels est amenée à évoluer figurent à l'article 1er- 3 du décret n° 86-83 du 17 janvier 1986 relatif aux dispositions générales applicables aux agents contractuels de l'Etat. Elle doit ainsi faire l'objet d'une réévaluation au moins tous les trois ans, notamment au vu des résultats des entretiens professionnels ou de l'évolution des fonctions. Au niveau jurisprudentiel, « il ressort de la jurisprudence constante du Conseil d'Etat que le niveau de rémunération des agents non titulaires doit être fixé par référence à ce que percevrait normalement un fonctionnaire exerçant les mêmes fonctions en tenant compte toutefois des qualifications et de l'expérience professionnelle de l'intéressé. » (Conseil d'Etat, 3ème et 8ème sous-sections réunies, 25 mai 2007, n° 299307).
Ainsi, l'employeur a la possibilité de déterminer la rémunération des agents contractuels et donc de leur appliquer des primes correspondant à celles prévues pour les agents titulaires, sans que le cadre réglementaire précise ou ne limite la liste des primes qui peuvent être attribuées aux agents contractuels. Cette possibilité pour l'employeur est confirmée par la jurisprudence du Conseil d'Etat (notamment Conseil d'Etat, 29 décembre 2000, affaire n° 17137). A titre d'exemple, la prime de pouvoir d'achat exceptionnelle prévue par le décret n° 2023-702 du 31 juillet 2023 ou la prime prévue par le décret n° 2015-1087 du 28 août 2015 accordée aux personnels exerçant dans les écoles ou établissements relevant des programmes « Réseau d'éducation prioritaire renforcé » et « Réseau d'éducation prioritaire » sont versées aux fonctionnaires ainsi qu'aux agents contractuels éligibles.
La Cour de Justice de l'Union européenne, dans sa décision C-72/18 du 20 juin 2019, a jugé que le fait de réserver le bénéfice d'un complément de rémunération aux enseignants employés dans le cadre d'une relation de travail à durée indéterminée en tant que fonctionnaires statutaires est contraire à la clause 4, point 1, de l'accord-cadre sur le travail à durée déterminée conclu le 18 mars 1999, si l'accomplissement d'une certaine période de service constitue la seule condition d'octroi dudit complément.
